Antes de 1978, Gilgit-Baltistán estaba aislado del resto de Pakistán y del mundo debido a la dureza del terreno y a la falta de carreteras accesibles. Todas las carreteras del sur se abrían hacia el estado de Azad Cachemira, administrado por Pakistán, y las del sureste hacia la actual Jammu y Cachemira, administrada por India. Durante el verano, la gente podía atravesar a pie los pasos de montaña para viajar a Rawalpindi. La forma más rápida de viajar era el avión, pero el transporte aéreo sólo era accesible para unos pocos privilegiados locales y para los militares y funcionarios civiles paquistaníes. Entonces, con la ayuda del gobierno chino, Pakistán empezó a construir la autopista del Karakórum (KKH), que se terminó en 1978. El viaje de Rawalpindi / Islamabad a Gilgit dura aproximadamente entre 20 y 24 horas.
La autopista del Karakórum conecta Islamabad con Gilgit y Skardu, que son los dos centros principales para las expediciones de montañismo en Gilgit-Baltistán. La Corporación de Transporte de las Zonas Septentrionales (NATCO) ofrece servicio de transporte en autobús y jeep a los dos centros y a otros destinos populares, lagos y glaciares de la zona. Los desprendimientos de tierra en la autopista del Karakórum son muy frecuentes. La autopista del Karakórum conecta Gilgit con la ciudad de Tashkurgan, en Kashgar (China), a través de Sust, el puesto de aduanas e inspección sanitaria del lado de Gilgit-Baltistán, y el paso de Khunjerab, el paso fronterizo internacional pavimentado más alto del mundo, a 4.693 metros.